De två utpekade har arbetat på Pakistans högkommissariat i New Delhi.
Grannländerna Indien och Pakistan ligger i fejd om Kashmir, en region som delades mellan de två länderna vid självständigheten från Storbritannien 1947.
Indiska regeringen förklarade de två vara persona non grata och Pakistans representant i Indien fick motta "en kraftig protest". Det är oklart vad spionaget rörde, men beslutet kommer i samband med att en indisk medborgare anklagas i tysk domstol för spioneri på personer från Kashmir för den indiska underrätelsetjänstens räkning.
Indien har omkring 500 000 soldater posterade i Kashmir.