Polisen larmades klockan 00.26 natten till lördagen till området kring Storegårdsområdet då en person hört en kvinna skrika och ropa på hjälp. Polisen skickade patruller till platsen där pojkarna togs på bar gärning. Det ska handla om en fullbordad våldtäkt som flickan utsatts för.
Pojkarna anhölls på lördagsmorgonen och begärdes på sena måndagen häktade vid Eksjö Tingsrätt misstänkta för grov våldtäkt. Häktningsförhandlingarna skedde bakom lyckta dörrar.
Båda pojkarna förnekar brott.
Åtal ska vara väckt senast 26 juni.
Flickan som ska ha utsatts är 18 år. Hennes bostadsort är under sekretess.
En av de misstänkta gärningsmännen är född 2000 och har bara precis hunnit fylla 17 år. Den andre är född i slutet av 1999.
Ingen av dem har fast adress i Sverige.