Skeletten tros vara två män, båda åtminstone 55 år, skriver nyhetsbyrån AFP.
Arkeologernas tes är att de två männen dog när jordbävningen fällde en vägg i rummet, sannolikt ett förråd, där de sökte skydd. De "dog troligen på grund av flera trauman orsakade av kollapsen av en del av byggnaden", enligt ett uttalande gjort av arkeologerna.
Skeletten hittades liggande på sidan med benen uppdragna. Ett av skeletten hade en arm upplyft som för att skydda sig. Ett bar en ring på vänster hand.
Bredvid ett av offren hittades spår av vad arkeologerna tror var en tygbunt, innehållandes halsbandspärlor och mynt.
Arkeologer uppskattar att 15 till 20 procent av Pompejis befolkning dog i vulkanutbrottet, mestadels av termisk chock. Men även jordbävningar före och efter utbrottet tog ut sin rätt.
Hittills har kvarlevor av fler än 1 000 människor hittats över hela den drabbade platsen. Senaste fynden gjordes 2020 då arkeologer hittade två manliga kroppar som tros ha varit en ung slav och hans eventuella ägare.