Den döde hittades ombord på båten. Två personer skadades i branden, som började vid 11.30-tiden på tisdagen, och fördes till sjukhus.
Två män, i 30- respektive 35-årsåldern, greps i samband med branden.
– De är misstänkta för bland annat grov mordbrand, vållande till annans död och framkallande av fara för annan, säger Daniel Wikdahl, presstalesperson vid polisen, till TT.
Senare anhölls de två männen av åklagare.
Branden var släckt vid 14-tiden. Rökdykare sökte igenom båten men fann inte fler skadade. Inga av de omkringliggande båtarna skadades.
Trafiken utmed Söder Mälarstrand stoppades under branden, men släpptes på igen när den var släckt. Vid 16-tiden hävdes även avspärrningarna runt båten.
– Det går nu att passera förbi på kajen. Däremot är själva fartyget avspärrat för teknisk undersökning, säger Daniel Wikdahl.