Blixten var i själva verket en bugg på en övervakningsfilm, rapporterar P4 Jönköping.
Polisen sade att det rådde inga tvivel om brandens grund, men backar nu helt från påståendet.
– Den filmen som polisen fick ta del av, som tekniker och även SMHI tittat på, där får vi ett kraftigt ljussken på himlen som upplevs som en blixt, säger förundersökningsledare Richard Finndahl till radiokanalen.
Den privata övervakningsfilm som polisen fått på usb-minne innehöll ett tekniskt fel.
– Det är lätt att vara efterklok, det är det alltid, men just där och då såg vi en förklaring till vad som orsakade branden. Där får vi backa, säger han.
Richard Finndahl säger även till radiokanalen att inget tyder på att branden var anlagd.
Förutom kyrkan så drabbades även en förskola, med verksamhet för 50 barn, i samma byggnad.