Mannen är misstänkt för att ha själv ha orsakat branden, uppger polisen.
Larmet kom strax före klockan nio på tisdagsmorgonen. Då brann huset med öppna lågor. Det blev senare övertänt.
Den skadade mannen hittades vid brandplatsen och fördes till sjukhus.
– Så vitt vi känner till var ingen annan person i huset när branden började, säger Johnny Gustavsson, presstalesperson på polisregion Öst.
Polisen inledde snart en utredning om misstänkt mordbrand. Under dagen hålls förhör med vittnen, och med personer som drabbats av branden.
Den skadade mannen har ännu inte kunnat förhöras.
Den drabbade familjen får hjälp av Eksjö kommuns krisgrupp.