I september förra året sköts pojken i stadsdelen Nyfors. Han fördes till sjukhus, men hans liv gick inte att rädda.
Några dagar efter mordet greps 16-åringen. Han häktades den 24 september.
16-åringen åtalas nu för mord och grovt vapenbrott.
"Den åtalade förnekar fortsatt brott", säger kammaråklagare Maria Edström i ett pressmeddelande i samband med att åtalet väcktes på måndagen.
Den mördade pojken träffades av minst tre skott, visar stämningsansökan. Dödsskjutningen skedde utomhus inför många vittnen, varav flera barn.
Rättegången inleds den 11 februari.