Virusutbrottet har utlöst juridiska strider på flera håll i landet om tillgången till abort. Flera delstater, däribland Ohio och Texas, har försökt få igenom tillfälliga stopp för aborter genom att klassa dem som ingrepp som inte är brådskande.
En sådan föreskrift utfärdades i slutet av mars i Alabama. Den högste ansvarige för sjukvården i delstaten, Scott Harris, har tidigare sagt att reglerna endast syftat till att bromsa spridningen av viruset, skriver nyhetssajten Alabama Political Reporter.
Men sedan delstatsmyndigheterna inte klargjort om abortkliniker kan fortsätta sin verksamhet lämnade aborträttighetsgrupper in en ansökan om domstolsföreläggande.
"För vissa grupper av kvinnor skulle ett obligatoriskt uppskjutande göra laglig abort omöjlig", skriver domaren Myron Thompson i sitt utlåtande enligt Washington Post. Han slår vidare fast att abortkliniker själva bör få bestämma om en abort kan skjutas upp.
Thompson har tidigare stoppat ett beslut i delstaten i fjol om att i princip totalförbjuda aborter.