Flera personer larmade om den höga smällen strax efter klockan halv tre och boende i området har under natten evakuerats, enligt polisen.
Ingen person har påträffats skadad. Däremot har fönster och en entrédörr fått skador, uppger räddningstjänsten till Upsala Nya Tidning.
– Vi håller på och skapar oss en bild av vad som har hänt och är på plats med en ganska stor resurs, sade Tobias Ahlén, presstalesperson vid polisens regionledningscentral, till TT vid 04-tiden.
Strax efter klockan 05 bedömde nationella bombskyddet att explosionen kom från en mindre sprängladdning. En förundersökning gällande allmänfarlig ödeläggelse har inletts men ingen misstänkt är ännu gripen.
Detonationen är den andra på kort tid i Uppsala. Sent på onsdagskvällen inträffade en explosion i en lägenhet i stadsdelen Luthagen. Även då fick boende evakueras och polisen utreder också den händelsen som allmänfarlig ödeläggelse.