Personal från fem brandstationer kämpade under natten mot elden, som startade på tredje och översta våningen i byggnaden.
Vid 04-tiden var branden begränsad till vinden, men där brann det desto mer.
– Vi har för avsikt att bränna av vinden. Det är öppna lågor och det kommer att brinna rejält under flera timmar, säger Andreas Blomquist, operativ chef vid Södertörns brandförsvarsförbund då.
Två timmar senare var lågorna under kontroll, men vinden utbränd.
– Tredje våningen är också brandskadad men våning ett och två hoppas vi att man ska kunna använda, säger Andreas Blomquist.
Då var personal från fyra stationer fortsatt på platsen och räddningstjänsten kommer vara kvar under åtminstone förmiddagen.
Sammanlagt 22 personer befann sig i byggnaden när elden bröt ut. De kunde alla evakueras. Två av dem fick föras till sjukhus med lättare skador.
I samma byggnad som vandrarhemmet ligger även en vårdcentral, den ska dock ha klarat sig från elden. Under tidiga morgonen tog räddningstjänsten även bort den varning för kraftig rök som kund påverka trafiken på närliggande E20.
Polisen misstänker att branden är anlagd och en man greps under natten på platsen, misstänkt för grov mordbrand, uppger polisen för TT.