Träden var 80 respektive 100 år gamla, i runda tal. Enligt kommunen borrade mannen hål i träden och hällde gift på dem. Dödandet ska ha skett 2015.
Kommunen fick ett anonymt tips om vad som hänt. Polisen startade en utredning, som dock lades ner.
Men kommunen valde att driva ärendet vidare. Enligt uppgift finns det bilder som visar mannens agerande. En tratt och en slang uppges också ha hittats.
– Att man inte går omkring och tar livet av träd i alléer och i parker eller någon annanstans, det är för kommunen en viktig fråga, säger Lars-Åke Svensson, chefsjurist på kommunen, till P4 Jönköping.
Mannen nekar till anklagelsen.