Han upptäcktes när polisen sökte igenom båtar längs kajen vid lunchtid på lördagen.
Polisen var på jakt efter en man som hade stulit i en butik. Enligt uppgifter ska han ha hoppat ombord på en båt.
Räddningstjänsten kunde plocka upp mannen ur vattnet och han fördes till sjukhus. Senare under dagen meddelade polisen att mannen avlidit.
– Vi vet inte om det är samma man som vi letade efter, säger polisens presstalesperson Carina Skagerlind.
Den döde mannen är inte identifierad.
Eftersom dödsfallet inträffade i samband med ett polisingripande har en anmälan gjorts till avdelningen för särskilda utredningar.