Enligt polisen har mannen skador som gör att man nu inlett en förundersökning om mord.
– Vi vet inte hur han har hamnat i vattnet, och han har skador som inte kan förklaras på ett naturligt sätt, säger Carina Skagerlind på polisen i region Stockholm.
Polisen larmades vid kvart över åtta under fredagsmorgonen efter att en förbipasserande sett en kropp i vattnet.
– Personen reagerade på att det låg en person långt ut i vattnet, till synes livlös. Han låg ungefär 20 meter ut från badplatsen.
När polis och räddningstjänst kom till platsen kunde man konstatera att mannen var avliden. Man har ännu inte kunnat identifiera vem han är.
Området kring Mälarhöjdsbadet har spärrats av.