Den misstänkte mannen har vid åtminstone sju tillfällen utsatt barnet, som är i tolvårsåldern, för sexuella övergrepp som är att jämföra med samlag, enligt åtalet som har lämnats in till Malmö tingsrätt.
Våldtäkterna ska ha skett i mannens bostad och skett under perioden 1 juli-10 november förra året.
Mannen nekar till brott.