Beslutet om bytet har fattats av den nye högste chefen för Brasiliens federala polis, Rolando Alexandre de Souza. Han svors in i måndags i stor hast.
Bolsonaro ville först utnämna familjevännen Alexandre Ramagem som högste polischef, men utnämningen stoppades av en domare i Högsta domstolen. Brasilianska medier noterar att de Souza har nära band till Ramagem.
Högsta domstolen har tidigare godkänt att en utredning granskar presidentens påstådda politiska inblandning i den federala polisens arbete. Utredningen rör maktmissbruk, anklagelser som förts fram av förre justitieministern Sérgio Moro. Denne avgick sedan han anklagat Bolsonaro för att ha velat blanda sig i polisens arbete, främst då i Rio de Janeiro.
Det kontroversiella bytet av federala polisens chef för Rio de Janeiro lär läggas till åklagarens handlingar i utredningen om presidentens maktutövande.
Två av Bolsonaros söner, också de politiker, förekommer i två olika utredningar. Presidenten och sönerna har kallat utredningarna politiskt motiverade.
Rättad: I en tidigare version förekom en felaktig beskrivning av den post där bytet sker, samt av presidentens relation till den högste chefen för federala polisen.