Enligt uppgifter protesterade fångarna mot att myndigheterna inte gör tillräckligt för att minska smittspridningen i landets överfulla fängelser.
Sju fängelsevakter skadades i upploppet, varav två kritiskt, enligt Colombias inrikesdepartement.
Colombia kommer att införa landsomfattande karantänsåtgärder från och med tisdag.
Hittills har 231 personer i landet bekräftats smittade av coronaviruset. Två har avlidit.