En entrédörr och fönster skadades och två bilar i närheten fick lackskador, skriver polisen på sin hemsida. Ingen människa kom till skada.
Händelsen utreds som försök till allmänfarlig ödeläggelse.
– Det här är en byggnad som Kriminalvården inryms i och det är ingen verksamhet just nu, har polisens presstalesperson Rickard Lundqvist tidigare sagt till TT.
Avspärrningarna kring fastigheten, som ligger vid Slussen i Malmö, hävdes strax efter klockan 01 i natt.