Polis kallades till platsen vid 14-tiden.
– Varningsskottet avlossades i samband med att skyddsvakten upplevde det som att en person försökt köra på skyddsvakten, säger Anna Westberg, polisens presstalesperson vid polisen i region Stockholm.
Ingen har frihetsberövats i samband med händelsen och ingen har skadats. Händelsen rubriceras som försök till grovt våld mot tjänsteman samt brott mot skyddslagen.
FRA har bekräftat för TT att händelsen ägde rum vid myndighetens anläggning.
– Det var en incident som ägde rum där skyddsvakten avlossade ett varningsskott och polisen tillkallades, säger Fredrik Wallin, presstalesperson vid FRA.
I övrigt kan myndigheten inte kommentera händelsen närmare.
Likt när polisen avlossar sina vapen, kommer skyddsvaktens varningsskott att utredas av särskilda åklagarkammaren.