Männen, som båda är födda 2003, anhölls båda under natten till lördagen.
– De förnekar brott. Men jag vill inte gå in på exakt hur de ställer sig till anklagelserna, säger åklagare Mikael Carlsson, som är förundersökningsledare i fallet, till TT.
De båda unga männen är kända av polisen sedan tidigare.
En 19-årig man dödades och en 16-årig pojke skadades vid skottlossningen i stadsdelen Saltskog i Södertälje i torsdags. Det har tidigare uppgetts att han vårdats för allvarliga skador.
Skjutningen var den femte på mindre än två veckor och innebar det tredje skjutvapenmordet inom loppet av en vecka i Södertälje.
Senast imorgon ska ett beslut tas ifall den ena mannen ska häktas. Beslutet för den andra fattas på tisdag.