De misstänks ha förpackat, transporterat och lagrat tobaken och sedan sålt den vidare, rapporterar SVT Nyheter Småland.
Merparten av den tobak åtalet gäller är avsedd för rökning i vattenpipa.
De båda männen åtalas för grov olovlig befattning med punktskattepliktiga varor. Enligt åklagaren har verksamheten inneburit att staten förlorat stora summor i utebliven skatt.
Åtalet kommer i spåren av flera större beslag som gjordes i Kalmar och Kronobergs län förra året av tullen, polisen och Ekobrottsmyndigheten.