1997 till 2003 bedrev Lundin verksamhet i södra Sudan, där ett inbördeskrig samtidigt rasade. Bolaget anklagades av bland andra Amnesty International för att ha förvärrat konflikten med sin närvaro.
2010 inleddes en förundersökning kring misstänkta krigsbrott i konflikten i södra Sudan vid Internationella åklagarkammaren i Stockholm. Detta sedan European Coalition on Oil in Sudan (Ecos) anklagat bland andra Lundin Oil, som bytt namn till Lundin Petroleum, för att ha hjälpt regimen i Sudan att tvinga bort lokalbefolkningen för att underlätta oljeprospektering i oljeblocket 5A i södra Sudan.
Syftet med den svenska förundersökningen var i första hand att se om krigsbrott begåtts och i andra hand om det fanns en svensk koppling.
2016 kallas Lundin Petroleums vd Alex Schneiter och bolagets ordförande Ian Lundin till förhör om bolagets roll i misstänkta folkrättsbrott i södra Sudan. Båda delges misstanke om medhjälp till grovt folkrättsbrott i Sudan.
På hösten 2017 vill Lundin Petroleums advokater att huvudåklagaren Magnus Elving ska petas från det omfattande målet. De anser att han röjt sekretessbelagda uppgifter och är jävig. Elving menar dock att ingen känslig information röjts. Ärendet prövas av riksåklagaren.
I slutet av 2017 lämnar förundersökningsledare Magnus Elving sitt uppdrag på grund av sjukskrivning. Ny förundersökningsledare blir Henrik Attorps, som sedan tidigare varit en av flera åklagare i utredningen.
2018, i februari, meddelar Riksåklagaren Anders Perklev sitt beslut att inte peta kammaråklagare Magnus Elfving som förundersökningsledare i utredningen mot Lundin Petroleum efter advokaternas anmälan 2017.
18 oktober 2018 godkänner regeringen Åklagarmyndighetens ansökan om att väcka åtal mot Lundin Petroleums ordförande Ian Lundin och vd Alex Schneiter för grovt folkrättsbrott i Sudan.
– Det rör sig om en allvarlig brottsmisstanke och det finns också en klar anknytning till Sverige, sade justitieminister Morgan Johansson (S).
November 2018 begär Lundin Petroliums ordförande Ian Lundin att Högsta förvaltningsdomstolen undanröjer regeringsbeslutet den 18 oktober som gav grönt ljus att åtala honom för medhjälp till grovt folkrättsbrott i Sudan. Lundin begär överprövning eftersom han anser att justitieminister Morgan Johansson (S) är jävig.
2019, i mars, avvisar Högsta förvaltningsdomstolen oljebolaget Lundin Petroleums ansökan om rättsprövning. Därmed står Åklagarmyndighetens beslut fast och bolagets ordförande Ian Lundin och vd Alex Schneiter kan åtalas för medhjälp till grovt folkrättsbrott i Sudan mellan 1997 och 2003.