Flickorna har bott i Sverige och är nu svenska medborgare, men brotten har begåtts i ett land i Mellanöstern.
Personerna som åtalas är närstående till de drabbade flickorna. Kammaråklagare Virpi Alajarva vill inte beskriva deras relation närmare än så.
– Det är ett känsligt ärende, konstaterar Virpi Alajarva.
Berättade i skolan
Brottsutredningen startade när flickornas skola gjort en orosanmälan till socialtjänsten, som i sin tur gjorde en polisanmälan.
– Skolan har reagerat på vad barnen berättat, säger Virpi Alajarva.
De två misstänkta greps i maj, satt häktade i fyra veckor och har därefter haft reseförbud.
Flickornas egna berättelser, och uppgifter från skola och sjukvård, är bevisning i målet.
Rättsprocessen, och uppmärksamheten runt den, har dock varit jobbig för flickorna. De har fortfarande kontakt med sina nu åtalade närstående.
Straffet för brott vid könsstympning skärptes i en lagändring för några år sedan. De nu aktuella händelserna skedde innan dess.
Ovanligt åtal
Maxstraffet för brott av normalgraden var då fyra års fängelse. I detta fall handlar det "bara" om medhjälp, men å andra sidan finns två brottsoffer.
Enligt nuvarande lag kan man dömas till sex års fängelse för ett "normalt" brott mot lagen om könsstympning. Om brottet bedöms som särskilt grovt, kan det bli tio års fängelse.
De två åtalade nekar till brott.
Det har även funnits misstankar om stämpling till ytterligare ett brott, men den delen av utredningen är nedlagd.
Åtal om könsstympning är ovanliga.
– Det finns en hel del kvinnor i Sverige som genomgått detta. Men det gäller att veta när det har har hänt, innan de flyttat till Sverige eller senare, säger åklagaren Virpi Alajarva.