De gripna är i 25- respektive 35-årsåldern.
– Vi kan inte utesluta att det blir fler frihetsberövanden, säger Erik Creutz, vakthavande befäl vid polisen.
Den skjutne mannen vårdas med oklara skador. Alla inblandade är kända av polisen sedan tidigare.
Skjutningen inträffade utomhus i anslutning till en gymnasieskola i västra Eskilstuna.
Polisen har inlett en förundersökning om försök till mord och platsen har spärrats av.