Två män har nu anhållits misstänkta för att vara inblandade i händelsen som utreds som försök till mord samt grovt vapenbrott.
När polisen kom till den misstänkta brottsplatsen, i centrala Nyköping, vid 22-tiden i tisdags befann sig flera personer där.
– Vårt inledande arbete är att kvarhålla de personer som fanns på platsen för förhör, sade polisens presstalesperson Johnny Gustavsson under natten.
Mannen fördes till sjukhus med oklara skador.
Lägenheten har spärrats av för en teknisk undersökning och polisen arbetar för att ta reda på hur han har blivit skjuten.