Anläggningen som ligger i Simrishamns kommun har spärrats av och Jordbruksverket har beslutat om en restriktionszon på 10 kilometer.
De smittade fåglarna har avlivats och anläggningen kommer att saneras.
Det är det fjärde konstaterade fallet av fågelinfluensa på tamfågel i Sverige denna influensasäsong och läget är nu mycket allvarligt, enligt Katharina Gielen, smittskyddschef på Jordbruksverket.
– Det påminner om hur det började förra säsongen, med flera fall före årsskiftet, säger hon.
Smittorisken anses vara förhöjd i hela Sverige, men pekas ut som särskilt hög i södra Sverige. Där höjdes skyddsnivån till nivå 2 i början av november, vilket bland annat innebär att alla fjäderfän ska hållas inomhus.
Två miljoner höns avlivades
Förra vintern och våren drabbades Sverige och Europa av den allvarligaste fågelinfluensasäsongen hittills. Bland annat tvingades Sveriges största äggproducent, i Mönsterås kommun, avliva omkring två miljoner värphöns.
– Det vi såg förra säsongen var att smittan kom från vilda fåglar och inte spridning mellan drabbade besättningar. Det är därför ytterst viktigt att tama och vilda fåglar hålls isär, säger hon.
Viruset finns bland annat i spillningen från vilda fåglar och kan till exempel spridas vidare via bildäck och skor.
– Vid de stora kommersiella anläggningar finns rigorösa hygienrutiner. Men på något sätt lyckas ändå viruset ta sig in, säger Gielen.
Ovanligt hos människor
Vissa virusvarianter av fågelinfluensa kan smitta människor, men det är mycket ovanligt. I Sverige har hittills ingen människa smittats av fågelinfluensa.
– Just den här varianten som vi ser nu och som vi hade i det förra utbrottet har inte smittat till människa. Det finns inga rapporter om det.
Viruset sprids heller inte via livsmedel.
– Det är en hög dödlighet i den här sjukdomen och djuren självdör. Därför vill vi också avliva dem snabbt eftersom det är ett djurlidande.
Läget är allvarligt och samma situation rapporteras från andra länder i Europa, enligt Karl Ståhl, statsepizootolog på SVA.
"Förebyggande smittskyddsarbete och omedelbar rapportering av ökad dödlighet är otroligt viktigt just nu", säger han i ett pressmeddelande.
Självförsörjningen påverkad
Sveriges hade 8,9 miljoner värphöns före det stora utbrottet förra vintern, enligt Jordbruksverket.
Att så många höns behövde avlivas påverkade Sveriges självförsörjning av ägg, enligt Marie Lönneskog Hogstadius, verksamhetsledare på branschorganisationen Svenska ägg.
– Vi tappade en stor produktion, och eftersom det var unghöns som drabbades så fanns inga höns att fylla på med.
Först i början av nästa år väntas produktionen vara tillbaka, med ökad export.
– Varje dag av utan misstanke om smitta är en bra dag. Men det är klart att vi är oroliga att även äggproducenter ska drabbas av viruset, säger Marie Lönneskog Hogstadius.