Misstankarna gäller brott mot skydds- och luftfartslagen.
– Personen ska identifieras och förhöras mot brottsmisstankarna, säger polisens presstalesperson Towe Hägg.
Polisen fick samtal om en drönare över Gamla stan och Riddarfjärden vid 15-tiden på tisdagen. Eftersom bland annat riksdagen, regeringsbyggnader och Kungliga slottet ligger i området är Säkerhetspolisen informerad.
– Ja, i det här fallet har vi bedömt det, i och med att den delen av centrala Stockholm består mycket av det de (Säpo) ansvarar över, säger Hägg.