Bombskyddet undersökte väskan och och kunde konstatera att väskan innehöll mestadels kläder.
I väskan fanns också en mindre förpackning som sköts sönder av bombskyddets robot.
Det innehöll inget farligt i den heller, säger Patric Fors, presstalesperson på polisen.
Polisen larmades till Betaniaplan i Malmö under torsdagsförmiddagen.
– Jag kan inte gå ut med så mycket mer än att det är två personer som har färdats i bil och kastat in en väska på vårt område, säger Fredrik Sieradzki, talesperson för judiska församlingen i Malmö.
Synagogan har ingen planerad verksamhet för tillfället och ingen person ska ha befunnit sig i byggnaden.