14-åringen, som vistades på ett HVB-hem, blev efterlyst i slutet av juli. Han är fortfarande inte hittad.
Polis och åklagare utgår från att flera personer är inblandade i det som hänt 14-åringen.
– Men hur många, det kan jag inte gå in på, säger senioråklagare Hanna Cardell.
15-åringen häktades i två veckor som misstänkt på sannolika skäl. Enligt advokat Jack Melkemichel, som försvarade 15-åringen vid häktningsförhandlingen, nekar pojken till det han anklagas för.
Under tiden fortsätter polisen utreda om försvinnandet har någon koppling till att en annan 14-åring hittades död utanför Nynäshamn i slutet av juli.
De två 14-åringarna hade bott på olika HVB-hem i Nyköpings kommun.
Dödsfallet utreds som misstänkt mord. I den utredningen, som också leds av åklagare Hanna Cardell, är ingen person frihetsberövad eller delgiven misstanke.
– Det är en stor utredningsgrupp som jobbar för fullt med de här fallen, säger Cardell.
– Man håller förhör med ett stort antal personer, och det fortsätter man göra. Man analyserar också mycket telefontrafik, för att lokalisera personer och se vilka kontakter olika personer har, tillägger Hanna Cardell.