En flicka i 15-årsåldern fördes till sjukhus med ambulans för kontroll, skriver polisen på sin sajt.
En 21-årig man greps senare vid Malmö centralstation, misstänkt för våldtäkten. Han har under morgonen anhållits av åklagare, enligt polisen.
Larmet om våldtäkten kom vid halv åttatiden. Brottsplatsen spärrades av och har undersökts av polisens kriminaltekniker.