Ungdomarna är 16-17 år gamla och en av dem åtalas också för försök till grovt våld mot tjänsteman.
Åtalet handlar om vad som utspelade sig vid Skånegården i Malmö den 16 april förra året, då den högerextreme politikern Rasmus Paludan var där och brände en koran.
"Folksamlingen började kasta stenar och bangers mot bland andra polisen. Stenkastningen eskalerade och därför försökte Polismyndigheten skingra stenkastarna åtskilliga gånger med hjälp av poliser, polisbussar och rytteri", säger åklagare Tanja Johansson i ett pressmeddelande.
Både poliser och polisbussar skadades. Åklagaren räknar med att väcka åtal mot fler personer som deltog vid Skånegården.
Rättat: I en tidigare version framstod det felaktigt som att samtliga åtalas för försök till grovt våld mot tjänsteman.