Bland annat ska han ha tagit henne på brösten.
Nu åtalas mannen, som är i 20-årsåldern, för sexuellt ofredande, rapporterar Borås Tidning. Han nekar till brott.
Fallet, som polisanmäldes i höstas, avslöjades i samma veva som två andra medarbetare på kommunala skolor i Borås blivit avstängda av liknande skäl.
I ett av fallen dömdes en lärare i höstas till 4,5 års fängelse för bland annat grovt sexuellt övergrepp mot barn, i det andra fick den anställde inte fortsätta sin tjänst på skolan.