Senare släpptes männen utan misstanke om brott.
– Vi tror att de har varit ute på en ö och skjutit med jaktvapen, säger polisens presstalesperson Ola Österling.
Larmet kom strax efter klockan 16 på onsdagen efter att "ett stort antal skott" hörts på ön. Polishelikopter, sjöpolis samt vanliga patruller deltog i insatsen som inleddes norr om Blidö.
– Helikoptern var snabbt på plats och vi såg att en båt lämnade en ö. Vi följde den med radiobil till lands och en sjöpolisenhet i båt, säger Ola Österling.
De två männen kunde sedan gripas i en bil respektive i en båt.
På den aktuella ön hittade polisen måltavlor och hypotesen var att det antagligen rörde sig om "någon form av övningsskjutning".
Efter några timmars utredning avskrev polisen misstankarna om vapenbrott och hävde gripandet.