"Individerna har varit verksamma inom försvarsmakten för länge sedan. En av dem fick sluta för 14 år sedan och den andra för 12 år sedan", skriver Försvarsmaktens presstjänst i ett mejl till tidningen.
Enligt uppgifter till Svenska Dagbladet har en av männen varit officer.
Den andre mannen är vapeninstruktör och ska ha vapentränat militärer och poliser i en privat skytteförening. Försvarsmakten vill inte uppge vad hans uppdrag inom försvaret var.
Olovlig kårverksamhet är riktat mot statsskicket och kan ge två års fängelse.
– Det är ett jätteovanligt brott och en svårtillgänglig lagstiftning, sade Henrik Olin, åklagare vid riksenheten för säkerhetsmål, till TT i förra veckan.
Olin uppgav vidare att tillslaget inte berodde på en överhängande hotbild eller attentatsrisk.
Vapeninstruktören är sedan tidigare åtalad för vapenbrott. Han greps av Säpo i tingsrätten när rättegången avslutades, har SVT rapporterat.