Pojken är född 2004 och greps på onsdagskvällen, uppger Åklagarmyndigheten i ett pressmeddelande.
Lördagens skjutning var den fjärde i Södertälje på kort tid. Även på fredagen sköts en man ihjäl i Ronna. Tre personer har häktats på sannolika skäl misstänkta för fredagens mord. En fjärde man som gripits släpptes efter häktningsförhandlingen.