Händelsen inträffade i februari. Pojkarna hade tagit sig in på skolan, satt på vattenkranar och täppt till avloppen. Kostnaden för vattenskadorna uppgick till över en miljon kronor.
Ett antal datorer slogs också sönder.
Pojkarna åtalas för grov skadegörelse och olaga intrång. Ytterligare två pojkar åtalas för olaga intrång.