Även en 21-årig kvinna häktas på sannolika skäl misstänkt för försök till grovt skyddande av brottsling.
En 15-årig pojke sitter sedan tidigare häktad i ärendet för medhjälp till mord.
Den 14-årige pojken hade varit försvunnen från ett familjehem i flera veckor innan han hittades död i ett skogsparti i Upplands-Bro. Samtidigt försvann en annan 14-åring pojke som också senare hittades död, men i en annan del av Stockholms län.
Polisen utreder om morden har kopplingar till varandra, och om det finns kopplingar till kriminella nätverk.
– Det är fortsatt som tidigare, vi utreder om det finns den typ av kopplingar i det här ärendet, säger åklagare Hanna Cardell till TT.
Båda pojkarna var hemmahörande i Nyköping. Den ena bodde på HVB-hem och den andra var familjehemsplacerad.