Gripandet skedde vid sextiden, då flera poliser samtidigt tog sig in i bostaden. Flera grannar ska ha vaknat.
– Gärningsmännen var gripna och lokalerna var säkrade på under en minut, säger Stefan Hector, chef för polisens Nationella operativa enhet, till SVT Nyheter.
Tillslaget måste ske snabbt för att de misstänkta ska kunna gripas "simultant och inte påverka bevisningen", säger Hector.
Ännu under eftermiddagen var platsen avspärrad och personer arbetade inne i bostaden.
Förnekar brott
Den ena av de nu anhållna personerna är misstänkt för grov olovlig underrättelseverksamhet mot Sverige samt mot främmande makt, medan den andra misstänks för medhjälp till samma brott, uppger Säpo.
Den huvudmisstänkte personens advokat Ulrika Borg uppger för TT att hennes klient förnekar brott. I övrigt har hon inga kommentarer.
Senast på fredag måste de misstänkta begäras häktade eller släppas på fri fot.
En tredje person har tagits in till förhör och husrannsakningar har enligt Säpo genomförts.
Enligt handlingar som åklagare Henrik Olin har lämnat in till tingsrätten har brottsligheten som riktas mot Sverige pågått från sommaren 2014 fram till tisdagens gripande. Brottet som riktar sig mot främmande makt ska ha pågått från januari 2013 fram till gripandet.
– Det vi kan säga är att det är allvarliga misstankar. Grov olovlig underrättelseverksamhet är brottslighet som hotar Sveriges säkerhet. Där har vi från Säkerhetspolisen ett uppdrag som handlar om att skydda Sverige och demokratin. Där ingår att förhindra att Sverige är en plattform för främmande makt att bedriva olovlig underrättelseverksamhet, säger Gabriel Wernstedt vid Säpo till TT.
Han svarar inte på frågan på om det rör sig om svenska eller utländska medborgare, inte heller lämnar han ut några uppgifter om ålder eller kön på de misstänkta.
Mot främmande makt
Olovlig underrättelseverksamhet mot Sverige innebär att någon med avsikt att gå främmande makt tillhanda bedriver verksamhet för att få del av av uppgifter som kan medföra skada för Sveriges säkerhet om främmande makt får tillgång till dem, eller medverkar till sådan verksamhet.
Straffet för brottet är böter eller fängelse i högst ett år. Om brottet är grovt är maxstraffet fyra års fängelse.
De nu aktuella misstankarna gäller även grov olovlig underrättelseverksamhet mot främmande makt.
– Det inbegriper att det är fler länder som är drabbade, säger Gabriel Wernstedt.
Personerna var anhållna i sin frånvaro före tillslaget, där även polisen bistod. Utredningen har enligt Säpo pågått "under en tid".
Försvaret bistod
TT: Hör det till vanligheterna att Försvarsmakten bistår vid tillslag?
– Det är inte helt ovanligt när vi genomför insatser att vi gör det med bistånd av Polismyndigheten. Sedan stämmer det att vi i det här fallet även haft bistånd av Försvarsmakten. Men det rör endast själva insatsen, vill jag understryka.
Ärendet har ingen koppling till något annat pågående Säpo-ärende, uppger Säkerhetspolisen själv.
Justitieminister Gunnar Strömmer (M) säger att han har stort förtroende för att myndigheterna hanterar fallet på ett bra sätt.
– Säpo har vid upprepade tillfällen kommunicerat att vi har ett breddat säkerhetshot mot Sverige och att det tar sig olika uttryck. Och det här är väl ett sådant, säger Strömmer, som kände till det aktuella ärendet men som inte vill ge några ytterligare kommentarer.