De är häktade på sannolika skäl misstänkta för förberedelse till mord. En av dem är också misstänkt för grovt vapenbrott, skriver Åklagarmyndigheten i ett pressmeddelande.
"Utredningen kommer att fortsätta med hög prioritet med hänsyn till att de misstänkta är ungdomar", framgår det av pressmeddelandet.
Larmet om föremålet kom in vid klockan 19.30 på tisdagen och polisen spärrade av delar av centrala Stockholm. Polisens bombexperter skickades till platsen, och strax efter midnatt meddelades att föremålet inte längre bedömdes vara farligt. I onsdags anhölls tre personer misstänkta för förberedelse till mord efter händelsen.