En 14-årig pojke blev skjuten i benet och en linjebuss träffades av skott under skottlossningen, som skedde på öppen gata i Gottsunda centrum.
Tidigt i polisutredningen kom misstankarna att riktas mot de nu häktade personerna. De greps kort efter skjutningen som misstänkta för en annan skjutning i Botkyrka i Stockholm.
De är på sannolika skäl misstänkta för försök till mord och grovt vapenbrott och häktades efter förhandlingar i Uppsala tingsrätt på fredagen.
16-åringens försvarsadvokat säger att hans klient förnekar gärningen.