Händelsen inträffade vid ett ingripande vid ett akutboende för hemlösa.
– Vi åkte till platsen för att biträda ambulanspersonal, som kallats dit med anledning av psykisk ohälsa. På platsen uppstod en hotfull situation som gjorde att polisen kände sig tvingad att avlossa skott, säger Rickard Lundqvist, presstalesperson vid polisen.
De skadade männen är i 30- respektive 40-årsåldern. Enligt Region Skånes hemsida har de båda männen allvarliga skador.
Händelsen utreds som grovt olaga hot mot tjänsteman.
Eftersom polisen använt tjänstevapen kommer polisens agerande att utredas av en särskild åklagare.
– Vi kan just nu inte gå ut med fler detaljer, eftersom åklagaren behöver göra en bedömning av vad som hänt först, säger Rickard Lundqvist.
Händelsen inträffade vid klockan 22.15 på måndagen.