Enligt Catarina Högborg, institutionschef på Nereby, kom pojkarna tillbaka på lördagen.
– Nu är de återförda till institutionen och där ska vården fortsätta, säger hon till radion.
Catarina Högberg säger att hon inte vet mer om var, hur eller när pojkarna påträffades.
Polisen skriver på sin sajt att de under lördagen omhändertog en 14-årig pojke i Haninge söder om Stockholm, efterlyst efter att ha avvikit från ett behandlingshem. Enligt Expressen handlade det om en av pojkarna från Nereby.
Pojkarna är misstänkta för olika skottlossningar under våldsvågen i Stockholm i början av året.