Polisen informerades om händelsen den 4 november och den ska utredas av avdelningen för särskilda utredningar.
– Det vi gjorde initialt var att polisanmäla. Vi bistår nu i den utredning som polisen håller i med informationsloggar och vad vi nu kan bistå med, säger Cubsecs vd Andreas Gyllestrand till TT.
Bevakningsuppdraget i det aktuella fallet rör sig om ett skyddsobjekt. Vapnet som har försvunnit är en enhandspistol, ett klassiskt tjänstevapen.
– Som vi ser det ska det inte kunna hända. Vi tar det med största allvar, säger han.
Ingen person har tagits ur tjänst med anledning av händelsen, uppger Gyllestrand.
Cubsec har efter händelsen gjort en särskild inventering av alla vapen som bolaget har i Sverige och infört säkerhetshöjande åtgärder för hanteringen av vapnen.
– Vi har varit verksamma i 17 år och det har aldrig hänt något tidigare. Det är en väldigt tråkig händelse som vi är berörda av.
Polisen vill inte lämna några ytterligare kommentarer om händelsen.