De är misstänkta för grovt sabotage mot blåljusverksamhet, skriver polisen på sin hemsida.
De anhållna är 26 och 30 år gamla. En av männen är även misstänkt för våld mot tjänsteman. Åklagaren måste fatta beslut om att begära männen häktade senast på fredag.
Totalt har 19 personer frihetsberövats misstänkta för grovt blåljussabotage under upploppet. Under sommaren har åtta personer dömts till fängelse i mellan två och sex år. Två av dem ska utvisas.
Våldsamheterna bröt ut i samband med den dansk-svenske högerextremisten Rasmus Paludans koranbränningsturné i Sverige.