Enligt myndigheten uppstod felet vid 00.42 under natten mot söndagen i samband med ett tekniskt underhållsarbete hos driftsleverantören Försäkringskassan. Strax efter klockan 10 var problemet löst och det går nu att hämta covidbevis igen.
"Vi beklagar det inträffade och eventuell olägenhet som kan ha uppstått för resenärer", skriver E-hälsomyndigheten.