Det är långt i från de första djurparksdjuren som har haft covid-19, men det har främst varit olika sorters apor och kattdjur som tidigare drabbats.
Veterinären Francis Vercammen säger att han testade djuren då de blev snoriga.
– Med tanke på nuvarande händelser så tog jag beslutet att testa proverna för covid-19, som gav det här överraskande resultatet, säger han.
Mor och dotter flodhäst, som kallas Hermien och Imani och är 41 respektive 14 år gamla, uppges i övrigt må bra, men de hålls nu borta från besökare.
Det är oklart hur flodhästarna smittats. Ingen av skötarna har haft några symptom, men generellt är coronaviruset på framfart i Belgien. Den senaste veckan har landet, med 11 miljoner invånare, registrerat i snitt 17 800 dagliga fall.