Syftet är att göra det "så enkelt och smidigt som möjligt för ungdomar på gymnasiet att vaccinera sig".
Bussarna placeras vid utvalda gymnasieskolor i Upplands-Bro och i Södertälje från och med måndag. Där kan elever vaccinera sig utan tidsbokning under skoltid.
"Vi vill med bussarna, som kommer att ha 'drop-in'-tider, sänka trösklarna för ungdomar som vill vaccinera sig genom att erbjuda vaccination under skoltid", säger regionens vaccinationssamordnare Magnus Thyberg i pressmeddelandet.
Om insatsen ger ett bra resultat kan fler områden och skolor komma att få samma möjlighet framöver, enligt Region Stockholm.
Erbjudandet gäller ungdomar födda år 2005 eller tidigare, men som inte har fyllt 18 år.