Smittan har påvisats hos en vitkindad gås och en pilgrimsfalk, som båda hittades i Lunds kommun.
Ännu en vitkindad gås, påträffad på Gotland, har testats positiv i en första analys och ska utredas vidare.
De vilda fåglarna har fågelinfluensa av typen H5N8, en influensa som under november månad har spridit sig bland fjäderfän i hela Europa.
"Utifrån det vi vet om fåglarnas flyttvägar, fynden i Europa och de fynd vi nu gjort bedömer SVA att smittan nu troligen är relativt utbredd hos vilda fåglar i Sveriges kustområden, särskilt längs flyttfågelrutter på östkusten och södra Sverige", skriver SVA i ett pressmeddelande.
Bara för några veckor sedan upptäcktes fågelinfluensan H5N8 bland kalkoner i Skåne. H5N8 har däremot inte visat sig utgöra en risk för smitta till människa, uppger SVA.