Nikkei 225-index sjönk 0,7 procent medan det bredare Topix-index i sin tur backade 0,6 procent.
Mot strömmen gick bland annat spelkonsoltillverkaren Nintendo som steg drygt två procent efter uppgifter om att det San Francisco-baserade investmentbolaget Valueact har gått in i bolaget och köpt på sig omkring 2 procent av bolagets aktier.
Tokyobörsen är dock undantaget när det gäller utvecklingen på de ledande asiatiska börserna.
Taiwanbörsen stängde 0,2 procent uppåt, Kospi-index i Seoul är upp 0,9 procent i den avslutande handeln och i Hongkong klättrar Hang Seng-index 0,3 procent. Samma utveckling syns i Shanghai, där kompositindex stiger 0,4 procent.