Orsaken var att tre personer i personalen ombord misstänktes vara smittade med coronavirus.
Färjan ville lägga till i orten Maumere på ön Flores där inga fall av coronaviruset har rapporterats. Invånare samlades under tisdagen i hamnen för att protestera mot att fartyget skulle få komma i hamn, av rädsla för coronavirusets spridning.
På sociala medier sprids videoklipp på när vårdanställda i skyddsutrustning testar människor ombord efter att färjan senare fick tillstånd att lägga till.
255 passagerare befann sig på färjan. De har satts i karantän och har testats för smittan.
Indonesien har hittills rapporterat 2 956 fall av coronaviruset och 240 dödsfall.