Nikkei 225-index hade backat 4,5 procent vid stängning medan det bredare Topix-index sjönk 1,8 procent.
Börstemperaturen sjönk ytterligare genom att Tokyos guvernör uppmanar invånare att stanna hemma då det finns farhågor för en "explosion" när det gäller coronavirusets utbredning efter det att fler dödsfall har registrerats.
På de övriga asiatiska börserna är det blandat. Taiwanbörsen steg 1,0 procent medan Kospi-index i Sydkorea sjönk 1,1 procent. I sluthandeln är Hang Seng-index i Hongkong ned 0,1 procent medan kompositindex i Shanghai backar 0,6 procent.